研究證另一已滅絕近親 DNA 影響現代巴布亞人免疫系統

人類是人屬 (Homo) 的唯一現存物種，但直至 50,000 年前，我們一系的祖先與全球多個其他人屬群體例如尼安德特人與丹尼索瓦人共存、雜交，而我們亦從這些已滅絕近親身上獲得一系列的基因。

最新刊於《PLoS 基因學》的研究指出，巴布亞人 (Pupuan) 身上的丹尼索瓦人 DNA 強烈而持續地影響其免疫細胞，以及和具有潛在演化相關、涉及免疫系統的過程。團隊相信，丹尼索瓦人 DNA 可以影響人體的基因調控，並可能是理解現代智人與其他已滅絕近親雜交結果的工具。

我們很多人仍帶有已滅絕近親尼安德特人與丹尼索瓦人的 DNA ，但現時東南亞，以及新畿內亞島人口是已知基因組內擁有比例最高的丹尼索瓦人 DNA ，達到 5 至 6% 。

過去，我們已知尼安德特人 DNA 的研究可以改變某些人類基因的表達水平，同時影響我們的免疫系統。然而，學界一直不知道尼安德特人 DNA 是否有類似影響。

團隊首先參考尼安德特人 DNA 的影響，以此進行電腦預測，然後再進行基實驗驗證丹尼索瓦人的 DNA 因對巴布亞人免疫系統有甚麼貢獻。

團隊注意到在巴布亞人中、丹尼索瓦人和尼安德特人的基因變異版本，偶爾會出現在負責調節附近基因表達水平的基因組部分。不過，只有丹尼索瓦人的基因版本被一直預測會影響控制免疫相關基因表達水平的元素。

因此，這些不同的 DNA 來源可能以不同方式，促成了巴布亞人的基因和表型多樣性。

為了驗證我們的預測，我們設計了一個實驗，將 5 個丹尼索瓦人基因序列與現代人類對應版本的序列進行比較，並測試前者實際影響特定類型免疫細胞，例如淋巴細胞內基因表達水平的能力。

團隊指，最終發現有 2 個丹尼索瓦人序列，對免疫細胞基因表達水平的影響確實與現代人類版本有明顯不同，前者會影響針對病原體的免疫系反應基因。

更重要是，丹尼索瓦人 DNA 似乎對現代巴布亞人的免疫系統，比尼安德特人的有更多影響，這表明過去身處亞洲的丹尼索瓦人免疫系統發生了變化，以適應新環境中的傳染病——當他們在 60,000 年前遷陡至東南亞等島嶼時，這些 DNA 可能幫助人類在這些地區成功紮根。

來源：

The Conversation, DNA from elusive human relatives the Denisovans has left a curious mark on modern people in New Guinea

報告：

Vespasiani, D.M., Jacobs, G.S., Cook, L.E. & et al. (2022). Denisovan introgression has shaped the immune system of present-day Papuans. PLoS Genetics. doi: 10.1371/journal.pgen.1010470

文／AC